Die 16jährige Bloom und ihre Freundinnen Stella, Musa, Tecna, Flora und Layla sind Feen, die in der magischen Welt Magix leben. An der Schule Alfea werden die jugendlichen Feen ausgebildet und in ihren übernatürlichen Fähigkeiten geschult. Neben ihrem normalen Schulalltag müssen die Feen, zusammen mit gleichaltrigen männlichen Kriegern, den „Spezialisten“ Riven, Sky, Brandon, Timmy und Helia die Vertreter der dunklen Magie bekämpfen. Jede Winx bekommt in der 2. Staffel auch ihre eigene „Herzbandelfe“: Bloom bekommt die ängstliche Elfe Lockette, Stella bekommt die romantische Amore, Flora bekommt die gesprächige Chatta, Musa bekommt die vornehme Tune und Tecna das computerbegeisterte Pixi Digit. Layla hatte schon am Anfang der 2. Staffel die kleine Elfe Piff. Die Elfen leben normalerweise alle im Elfendorf, außer die die eine Herzbandfee haben, denn die leben nun bei den Feen. Alle Feen benutzen einen „Verwandlungsspruch“. Blooms zum Beispiel heißt: „Bloom Magic Winx!!!“. In der zweiten Staffel wird der Spruch mit „magische Winx!!“ in manchen Folgen anders synchronisiert.

Die Handlung dreht sich um den Kampf zwischen Gut und Böse − Feen und „Spezialisten“ müssen sich in wechselnden Handlungsverläufen gegen die bösen Kräfte eines Hexentrios und einen bösen Lord durchsetzen − Anleihen und Parallelen zu Fantasy-Stereotypen sind schwer zu übersehen. Neben den zu bestehenden Abenteuern spielen die Suche nach Identität sowie Liebe und Beziehungen eine wichtige Rolle in der Serie − weibliche und männliche Protagonisten verlieben sich ineinander, wobei der Plot vielerlei Wendungen und Hindernisse vorhält, bevor einzelne Jugendliche schließlich zueinander finden.