Die Geschichte des Shikon no Tama begann vor mehreren hundert Jahren, als in ganz Japan Krieg herrschte. Youkai verschlangen die Toten und Schwachen und vermehrten sich blitzartig. Mönche und Mikos wurden rekrutiert, um die Youkai zu vernichten. Die Stärkste unter ihnen war Midoriko. Sie hatte die besondere Fähigkeit, die Seelen der Youkai zu läutern, wodurch sie die Youkai vernichten konnte. Ryu und Oni (zu Deutsch: Drache und Monster) vereinigten sich mit unzähligen anderen Youkai, um die Schlacht gegen diese eine Miko zu gewinnen. Die darauf folgende Schlacht dauerte sieben Tage und Nächte, bevor die Youkai es schafften, Midoriko festzuhalten.

Midoriko mobilisierte ihre letzten Kräfte und versiegelte deren Seelen in ihrem Herz, wo sie bis heute gegeneinander kämpfen. Daraufhin verwandelte sich ihr Herz in das Shikon no Tama und wurde von ihrem Körper abgestoßen. Danach verschwand das Shikon no Tama für eine lange Zeit, bis es von Sangos Großvater in einem Youkai gefunden wurde. Um es zu beschützen, gab er es der jungen Miko Kikyou, die es läuterte und das Gleichgewicht der Seelen im Inneren wieder herstellte.

Kurze Zeit später stahl der neu entstandene Hanyou Naraku das Shikon no Tama und verletzte Kikyou dabei tödlich. Nachdem Kikyou starb, wurde das Shikon no Tama zusammen mit ihr verbrannt, um es für immer zu vernichten.

500 Jahre später wurde Kagome mit dem Shikon no Tama im Körper geboren. An ihrem 15. Geburtstag wird sie von einem Youkai durch den Knochenfresser-Brunnen ins japanische Mittelalter entführt, wo sie das erste Mal auf den Hanyou Inuyasha trifft.